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Carlos Guerra Schrago: Teoria e prática da evolução (Pesquisa Fapesp)

Disciplina que busca reconstituir as histórias das espécies está, ela própria, em mutação, de acordo com biólogo da UFRJ

Fabrício Marques e Maria Guimarães

Edição 291
mai. 2020

Em companhia de Charles Darwin no Museu de História Natural de Londres, em 2018. Arquivo pessoal

O biólogo Carlos Guerra Schrago, do Departamento de Genética da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), faz extensas análises de dados no computador, usa estatística e sequências genéticas. Assentado na teoria evolutiva, seu trabalho ajuda a entender aspectos da realidade, como os caminhos da disseminação de uma doença (a epidemia de zika a partir de 2015) e a diversificação de mamíferos, especialmente roedores e primatas.

A variedade de objetos de estudo é reveladora de como a mesma teoria pode ser aplicada a todos os organismos, com uma diferença importante: com uma vida efêmera enquanto indivíduos, microrganismos são capazes de perpetuar-se por meio de uma rápida multiplicação. Aos olhos de um evolucionista, reconstituir a trilha de modificações genéticas resultante dessa replicação se transforma praticamente em um filme que relata sua história.

Graduado em biologia na UFRJ com especialização em bioinformática no Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), em Petrópolis, Guerra concluiu seu doutorado na UFRJ em 2004 e, entre 2018 e 2019, fez estágio de pós-doutorado na Universidade Harvard, nos Estados Unidos. Na entrevista a seguir, concedida por videoconferência, ele fala de mudanças pelas quais a teoria evolutiva vem passando e de como reage quando estudantes contestam a disciplina. Para ele, os pesquisadores caem em uma armadilha quando reagem como se houvesse um embate entre religião e ciência.

 Seu campo de estudo é a evolução viral. Como você vê a pandemia do novo coronavírus?
Ainda não analisei o material bruto do coronavírus, mas chamou a minha atenção que talvez tenha sido a primeira vez que a biologia evolutiva lidou com um problema prático novo, que é avaliar se uma sequência, seja um genoma de vírus ou de bactéria, foi manipulada em laboratório ou não. O trabalho que mostrou que o vírus Sars-CoV-2 não passou por manipulação, publicado em março na revista Nature Medicine, foi assinado por um grupo de virologistas moleculares que trabalham com evolução e teve uma repercussão considerável. É inclusive um problema geopolítico, porque saber se uma sequência teve ou não origem natural implica avaliar se foi objeto de bioterrorismo.

Esse tipo de trabalho também permite analisar a evolução molecular do vírus para traçar como ele está circulando e tentar fazer previsões…
Certamente para a vigilância epidemiológica de qualquer país é relevante saber o ritmo, a taxa de crescimento e de expansão das infecções e tentar traçar de onde esses vírus e sequências vieram. Mas o trabalho feito até agora carece de uma amostragem de sequências maior. É difícil fazer inferências sobre a dinâmica espacial e temporal de uma epidemia quando a amostragem é incompleta. Em relação ao Sars-CoV-2 circulante no Brasil, mostrou-se que são sequências de vírus originadas da Europa e EUA, mas o esforço de obter amostras não foi homogêneo em todos os países.

Talvez a seleção natural não seja a única explicação, mas ainda é a melhor que temos para entender a complexidade dos seres vivos

Seu laboratório trabalha com zika. Qual o alvo dos estudos?
Nossos questionamentos são teóricos e relacionados à epidemia de zika, e o que se aplica à zika vale para qualquer epidemia. As metodologias de bioinformática ou de evolução molecular são as mesmas. Nosso interesse era saber como se comportam parâmetros relevantes para quem trabalha com saúde pública, como a idade da epidemia, de onde ela veio, sua taxa de crescimento. Há uma quantidade enorme de pressupostos teóricos que queríamos avaliar e isso requer simulações computacionais bastante realistas. Nosso trabalho tem sido desenhar simuladores de crescimento e de dinâmica da epidemia, tentando aproximá-los da realidade do vírus no espaço e no tempo. Isso para avaliar a robustez de métodos tradicionalmente usados, por exemplo, para a reconstrução da história evolutiva do vírus ou cálculos da dinâmica espacial. Concluímos que alguns desses métodos têm problemas. Obtivemos valores mais precisos quando usamos as mudanças silenciosas no genoma, ou seja, mudanças no nível do DNA que não são passadas para o que é aparente, o fenótipo. As mudanças não silenciosas, aquelas que acarretam mudança de fato em alguma proteína que afeta um fenótipo, estão submetidas a regimes de seleção e são mais suscetíveis.

O trabalho envolve estatística e bioinformática. É possível explicar para um leigo como isso funciona?
Em publicações de divulgação científica ou mesmo em filmes de ficção científica, sempre aparecem sequências de DNA com aquelas letrinhas: A, C, T e G. São as bases nitrogenadas que se combinam para formar o DNA. Um dos desafios de quem trabalha com evolução molecular e genética é olhar essas letras, com diversas combinações e possibilidades, e tentar desvendar a história por trás delas. É como chegar na sua casa, olhar os cômodos e tentar descobrir o que aconteceu enquanto você estava ausente. Às vezes, é simples. Se você tem um cachorro e encontra tudo rasgado na sala, conclui: foi o cachorro. Mas em muitos casos requer a aplicação de modelos avançados. É algo comum do pensamento humano fazer inferências históricas. Entretanto, em biologia evolutiva é preciso estar respaldado por algo mais quantitativo. Na busca por uma comunicação objetiva, recorremos a inferências estatísticas que permitem quantificar mudanças na natureza. Nessa história, tratamos de tudo, de tempo, de quem é parente de quem, de onde veio, como chegou até aqui. Essas perguntas podem ser aplicadas a vírus, plantas, animais.

Como tem sido a evolução dessa metodologia? Como ela contribui para avançar o conhecimento?
A disciplina evolução molecular e filogenética surgiu na década de 1960, embora os conceitos com que trabalhamos sejam mais antigos – de uma história evolutiva compartilhada, de como a diversidade genética responde a regimes de seleção. Mas eles careciam de métodos mais algorítmicos para serem estudados e só foi possível chegar a esse patamar com o crescimento da utilização de computadores nas ciências naturais. Isso também dependeu do conhecimento sobre as sequências de nucleotídeos – e a estrutura do DNA só foi desvendada nos anos 1950. Até o aparecimento da disciplina, não se tinha ideia de como os genomas evoluíam. Com ela, o tema se tornou objeto de pesquisa e, utilizando dados moleculares, tornou-se possível reconstruir relações evolutivas entre várias espécies e ampliar o conhecimento sobre a árvore da vida, presente nos livros técnicos de ecologia, zoologia, botânica ou qualquer área da biologia. Temos hoje uma biologia bastante unificada pelo discurso evolutivo.

Quando se fala de evolução e seleção natural, as pessoas costumam pensar em animais ou plantas. Você estuda evolução molecular de vírus. O objeto de estudo faz diferença?
Faz diferença porque, no caso dos vírus, a taxa de evolução é muito acelerada e é possível enxergar o processo evolutivo com mais detalhes. Nos grandes mamíferos, é possível enxergar fotografias espalhadas por milhões de anos e fazer inferências sobre o que aconteceu entre uma imagem e outra. No caso dos vírus o espaçamento é menor, mas há algumas complexidades também. O pesquisador precisa estar atento e escolher ferramentas apropriadas para não fazer uma análise enviesada, pois há metodologias para enxergar quadros muito afastados no tempo e outras para quadros muito próximos.

Os vírus usam as células do hospedeiro para se multiplicar e deixam partes de seu material genético inseridos no genoma dos animais. Como os vírus se entrelaçam em nossa história evolutiva?
O que temos até agora são estudos de caso, alguns deles interessantíssimos, mostrando que o papel desses seres é muito mais complexo do que se imaginava. Não há como ponderar se ao longo da história dos mamíferos ou de qualquer outro grupo a contribuição dos vírus tenha sido mais positiva ou mais negativa. Tendemos a achar que é negativa, pois eles são parasitas celulares que utilizam a maquinaria da célula para se replicar e depois a célula morre. Mas nem sempre isso é verdade, e eles podem trazer novidades evolutivas. Isso era inimaginável até algum tempo atrás.

Quanto tempo?
Essas ideias começaram a aparecer por volta dos anos 1990. Depois do entendimento da natureza química do material genético, em 1953, criou-se um conceito de indivíduo muito associado a um único genoma. Entendia-se que, nas células de uma pessoa, o genoma poderia ter pequenas modificações criadas durante o processo de divisão celular. Assim, o genoma de uma célula do fígado poderia ser um pouco diferente do genoma de uma célula do pulmão. Mas ninguém admitiria que outros genomas presentes no organismo, originados de seres tão diferentes quanto bactérias e vírus, poderiam alterar fenótipos e chegar ao ponto de influenciar o comportamento de uma pessoa, como ansiedade e depressão. Chegamos a uma pergunta: afinal de contas, o que é um indivíduo? É apenas o seu genoma ou é o seu genoma e toda essa comunidade de genomas que está presente nesses microrganismos, incluindo os vírus?

Qual será a resposta, na sua avaliação?
O desenvolvimento das técnicas de sequenciamento permite uma análise muito mais detalhada do problema e acho que vamos nos surpreender nos próximos anos. É um desafio considerável inclusive para a bioinformática. A complexidade da informação é gigantesca, porque a variação não é apenas entre pessoas, mas também de uma mesma pessoa ao longo de sua vida. É impossível dar sentido a isso sem o auxílio de computadores. Minha impressão é de que, nos próximos anos, os cursos de biologia terão obrigatoriamente conteúdos de programação de computador para seus estudantes.

O discurso científico é limitado pelo naturalismo metodológico a agentes que devem ter relação mecânica de causa e efeito

Como essa contribuição da microbiologia influencia o conhecimento sobre a teoria da evolução?
O impacto está em andamento. A complexidade do genoma e de sua interação com os genomas de todos esses microrganismos não foi assimilada. Existe uma parcela de pesquisadores que considera a seleção natural a única explicação para a organização surpreendente que vemos nos seres vivos, enquanto outros acham que fenômenos além da seleção natural podem contribuir e defendem que a biologia evolutiva deveria ser reformulada para incorporar essas novidades, abandonando a concepção clássica que vem dos anos 1920. Talvez a seleção natural não seja a única explicação, mas ainda é a melhor que temos para entender a complexidade impressionante dos seres vivos.

Ainda se discute se os vírus são ou não vivos?
A pandemia do coronavírus mostrou que uma molécula de RNA consegue parar o mundo. Dentro das células, essas moléculas levam a uma rede hierárquica de reações em cadeia. Acaba sendo irrelevante perguntar se o vírus é vivo ou não. Esse debate quase virou uma disputa futebolística.

Estamos em um momento no qual se tornou frequente negar a evolução. Como você vive isso na docência?
É um problema real. Com frequência alunos fazem questionamentos de conteúdo religioso, mas raramente é um questionamento filosófico. O que chega em sala de aula é essa interpretação literal, simplista, em que o estudante argumenta: “Ah, não é isso que o capítulo tal do livro tal, do Gênesis, diz”. Acho que isso é bom tema de análise para os sociólogos. Devemos nos perguntar por que isso está aparecendo agora, pois é algo que eu não via 10 anos atrás. É preciso contextualizar o problema. Não se trata de uma disputa entre ciência e religião.

Por que não?
Muitos pesquisadores caem na armadilha e transformam algo que é local e específico em um problema filosófico que não tem solução. Na verdade, estamos lidando com algo muito menos sofisticado. O estudante nunca vem com um discurso teológico avançado. Tenho a impressão de que alguns estudantes entram na aula de evolução achando que é uma disciplina para ensinar ateísmo. Então, é natural que atuem de maneira hostil, porque cresceram em um ambiente familiar religioso e seu entendimento de moral está associado a princípios religiosos.

Como lidar com isso?
Combatendo a percepção de que o discurso científico é pregação ateísta. O professor precisa contextualizar quais são os limites e os agentes do discurso científico. Para o estudante tem que estar claro que o discurso científico é limitado pelo naturalismo metodológico a agentes que devem ter relação mecânica de causa e efeito. Qualquer tipo de agente não natural é incompatível com o universo que caracteriza o discurso científico. Uma vez eu tive de explicar: “Isto aqui é aula de biologia evolutiva, não de apologética ateísta. Eu não sou apologista de matérias do divino, sou biólogo”. Com isso, o aluno fica mais tranquilo e entende que, a partir daqui, fazer qualquer tipo de pulo metafísico é complicado. E isso inclui a aceitação ou rejeição de interpretações metafísicas do naturalismo. Quando alguém diz que hipóteses pseudocientíficas como a do “design inteligente” deveriam entrar nos livros de biologia evolutiva, deve-se indagar o seguinte: o que se propõe está envolto em naturalismo metodológico? Os agentes que estão atuando têm relação mecânica de causa e efeito? Não têm. Então, ótimo, pode-se fazer o que quiser com isso, mas no livro de evolução não entra. Criar essa proteção para o discurso científico evita o problema, mas também tem uma consequência que desagrada a alguns cientistas.

Qual?
A consequência de apresentar o discurso da ciência como apenas um dos discursos possíveis do intelecto humano. Para o cientista, é muito complicado dissociar a relação de igualdade entre ciência e conhecimento. Quando se afirma que existem outras formas de conhecimento fora da proteção do naturalismo metodológico, o cientista tem dificuldade em compreender. Para ele, o mundo só é cognoscível pelo naturalismo metodológico.

Darwinismo 2.0 (Valor Econômico)

JC e-mail 4976, de 24 de junho de 2014

Artigo de José Eli da Veiga publicado no Valor Econômico

Até o início dos anos 1980 o darwinismo foi amesquinhado pela concepção de que a sobrevivência dos mais aptos só decorreria da feroz competição que caracterizaria a “luta” pela existência. Por oitenta anos foi rejeitada a desviante interpretação das obras de Darwin proposta em “Ajuda Mútua: um Fator de Evolução”, livro com argutas observações sobre a extraordinária cooperação que caracteriza as vidas de abelhas, formigas e vários outros animais, publicado em 1902, no exílio londrino, pelo sessentão príncipe russo Piotr Kropotkin.

Mesmo que não tenha havido reconhecimento explícito, a perspicácia desse expoente do anarquismo começou a ser redimida quando um dos então mais promissores ramos da matemática – a Teoria dos Jogos – foi mobilizado para solucionar uma das questões que mais intrigava os pesquisadores, especialmente os das humanidades: num mundo de egoístas, desprovido de governo central, em que condições pode emergir a cooperação?

Resposta original e persuasiva foi dada em 1981 pelo cientista político da Universidade de Michigan, Robert Axelrod, que três anos depois lançou o hoje clássico “A Evolução da Cooperação” (Ed. Leopardo, 2010). Um livro que deveria tomar o lugar daquelas bíblias gratuitas achadas nos criados-mudos dos hotéis, diz Richard Dawkins, o célebre autor de “O Gene Egoísta” em prefácio à edição de 2006.

A proeza de Axelrod foi executar inéditas simulações computacionais que confirmaram hipóteses formuladas na década anterior por biólogos evolutivos: nepotismo e reciprocidade seriam os dois fatores determinantes da cooperação. Na ausência do primeiro, ela estaria na dependência de um padrão comportamental em que cada um dos atores repete o movimento do outro, reagindo positivamente a atitudes cooperativas e negativamente a gestos hostis.

Ainda em plena Guerra Fria, quando o risco de um “inverno nuclear” exigia a cooperação bipolar entre EUA e URSS, o que poderia fazer mais sucesso do que essa orientação apelidada de “tit-for-tat”, título de uma das populares comédias da dupla “O Gordo e o Magro”? Embora seja traduzida por “olho-por-olho, dente-por-dente”, essa expressão está mais próxima do “toma-lá-dá-cá”, pois é uma estratégia que exige prévio arranque cooperativo.

Como sempre ocorre na ciência, boa resposta a uma grande questão faz com que pipoquem novas dúvidas. Por exemplo: se por mera razão acidental um dos atores falhar em fazer o esperado movimento positivo, isso por si só inviabiliza a continuidade da cooperação? E o que ocorreria quando o esquema de cooperação envolvesse mais do que dois atores? Foram questões como essas que alavancaram o fulgurante avanço da biologia matemática nos últimos vinte anos. O padrão “toma-lá-dá-cá” hoje não passa de uma das três modalidades de uma das cinco dinâmicas de cooperação evidenciadas.

O “tit-for-tat” é manifestação rudimentar do que passou a ser chamado de “reciprocidade direta”. Novas simulações indicaram que eventual passo em falso pode engendrar uma segunda chance, em estratégia apelidada de “toma-lá-dá-cá generoso”, a origem evolutiva do perdão. E desdobramentos ainda mais sofisticados revelaram a existência de uma terceira forma de reciprocidade direta, na qual o agente inverte sua atitude anterior quando nota que as coisas vão mal, mas logo depois volta a cooperar. Algo que já era bem conhecido na etologia como comportamento “Win-Stay, Lose-Shift”, comum entre pombos, macacos, ratos e camundongos.

O segundo vetor da cooperação, chamado de “reciprocidade indireta”, foi crucial para a evolução da linguagem e para o próprio desenvolvimento do cérebro humano, pois se baseia no fenômeno da reputação. Neste caso, o que condiciona as atitudes dos atores são comportamentos anteriores em relações com terceiros. A cooperação avança quando a probabilidade de um agente se inteirar sobre a reputação do outro compensa o custo/benefício do ato altruísta.

Os demais determinantes da cooperação são as três formas em que ocorre a seleção natural, pois, além da já mencionada nepotista (de parentesco), ela não opera apenas entre indivíduos, mas também entre grupos (multinível) e nas redes (espacial).

Mesmo que as observações acima não sejam suficientes para que se possa ter uma boa ideia das descobertas da biologia matemática no âmbito da dinâmica evolutiva, elas certamente permitem notar que o darwinismo aponta tanto para “luta” quanto para “acomodação” pela existência. Exposição rigorosa e extremamente amigável desse darwinismo 2.0 está em “SuperCooperators – Altruism, Evolution, and Why We Need Each Other to Succeed” (Free Press, 2011), do austríaco Martin A. Nowak, biólogo matemático que está em Harvard depois de ter brilhado em Oxford e Princeton, e que contou com a inestimável ajuda do jornalista científico britânico Roger Highfield.

Esse sim é um livro que mereceria ser distribuído gratuitamente. Não para substituir bíblias cristãs, mas para promover o entendimento das origens naturais dos códigos de ética de todas as grandes religiões.

José Eli da Veiga é professor sênior do Instituto de Energia e Ambiente da USP e autor de “A desgovernança mundial da sustentabilidade” (Editora 34, 2013). Escreve mensalmente às terças-feiras. http://www.zeeli.pro.br

(Valor Econômico)
http://www.valor.com.br/opiniao/3591840/darwinismo-20#ixzz35ZWruc22

Something Other Than Adaptation Could Be Driving Evolution (Wired)

BY BRANDON KEIM

03.28.13

A computational model of greenish warbler evolution (left) fits real-world patterns of the species (right). Color corresponds to degrees of genetic difference. Image: Martins et al./PNAS

What explains the incredible variety of life on Earth? It seems obvious. Evolution, of course! But perhaps not the evolution most people grew up with.

Some ecologists say the theory needs an update. They’ve proposed a new dynamic driving the emergence of new species, one that doesn’t involve adaptations or survival of the fittest.

Give evolution enough time and space, they say, and new species can just happen. Speciation might not only be an evolutionary consequence of fitness differences and natural selection, but a property intrinsic to evolution, just as all matter has gravity.

“Our work shows that evolution wants to be diverse,” said Yaneer Bar-Yam, president of the New England Complex Systems Institute. “It’s enough for organisms to be spread out in space and time.”

In a March 13 Proceedings of the National Academy of Sciences paper, Bar-Yam and his co-authors, Brazilian ecologists Ayana Martins at the University of Sao Paulo and Marcus Aguiar at the University of Campinas, modeled the evolution of greenish warblers living around the Tibetan plateau.

The warblers are what’s known as a ring species, a rare phenomenon that occurs when species inhabit a horseshoe-shaped range. Genes flow around the ring, passing between neighboring populations — yet at the ring’s tips, the animals no longer interbreed with one another.

By the usual standards, these end populations have become new species. According to the researchers’ model of the process, no special adaptations or differences in reproductive fitness are needed to explain — or at least to computationally replicate — the greenish warblers’ divergence.

‘An alternative hypothesis to adaptation and selection of new species.’

“This sounds kind of crazy, right? We normally think of species as being adapted for particular functions. They have their own role to play in a community. That’s the standard wisdom,” said theoretical ecologist James O’Dwyer of the Santa Fe Institute, who was not involved in the study.

Instead, over 2,000 modeled generations, a time frame that fits with the 10,000 years that greenish warblers have ringed the Tibetan plateau’s slopes since their exposure by retreating glaciers, random genetic mutations drifted through the birds’ populations, ultimately clustering in diversity patterns resembling what’s seen in reality.

Adaptation and natural selection certainly played a part in the warblers’ evolution, said Bar-Yam, but they weren’t necessarily the driving forces. And though geography is involved, it’s very different from the population-isolating physical separation created by mountain ranges or islands.

“The plateau plays an important role in the formation of the ring species, but it does not block gene flow,” said Aguiar. “No barriers and no specific selection processes are required.” Rather than adaptation, distance is the driver.

That notion falls under the umbrella of neutral biodiversity theory, a dry-sounding name for a dramatic challenge to the notion that adaptation is biological diversity’s wellspring. First articulated by University of California, Los Angeles ecologist Stephen Hubbell, who in 2001 published The Unified Neutral Theory of Biodiversity and Biogeography, it’s a challenge occasioned by the surprising difficulty of explaining biodiversity, or why life is arranged the way it is.

Neutral biodiversity doesn’t reject the usual evolutionary drivers of adaptation and geographic isolation, which are clearly at work in shaping species traits and generating diversity. But these drivers don’t seem to explain many big-picture patterns. It’s not just ring species that are perplexing. Tropical forests, which originally inspired Hubbell’s theory, seemingly have far more species than there are niches to adaptively inhabit. Common patterns of species distribution also occur in disparate places, such as rain forests and coral reefs. The usual evolutionary models didn’t fit these phenomena.

A greenish warbler in Taibai Shan, China. Image: Ron Knight/Flickr

Some under-appreciated forces seemed to be operating, which Hubbell identified as neutral genetic drift: the flow, at landscape-level scales, of random genetic variations that emerge in individuals and spread through populations, but are ‘neutral,’ having no biological function.

That most mutations are neutral isn’t a new idea. It was first proposed in the late 1960s by Japanese geneticist Mootoo Kimura, and is an established dynamic in population genetics. That it might actually drive diversity on its own, though, accounting for substantial differences between species, was new.

How exactly this might work and how important it could be has been hotly debated ever since, at least in ecological circles. Some ecologists reject the idea altogether. Other researchers, including Bar-Yam’s group, have built on Hubbell’s original ideas.

Their work “offers an alternative hypothesis to adaptation and selection of new species,” said O’Dwyer, but he warned that it’s hard to tell whether neutral processes really occur. Computational models of neutral biodiversity often seem to predict real-world patterns, as with the greenish warblers, but that doesn’t mean they’re right.

Datasets necessary to test neutral explanations need to span hundreds if not thousands of years, and should encompass not just a few species but entire ecosystems, said O’Dwyer. He thinks some combination of neutral and non-neutral processes likely shape biodiversity, and teasing their contributions apart will be difficult.

Ecologist Rampal Etienne of the University of Groningen, whose own research suggests that sexual reproduction makes evolution speed up, echoed O’Dwyer’s point. “The major question is what data will be able to distinguish neutral from non-neutral explanations,” said Etienne, who cautioned against jumping to conclusions with Bar-Yam’s model.

Like any model, it’s based on assumptions and only imperfectly imitates reality, he said. Its more fundamental value, as with other work on neutral biodiversity, is that it critically examines whether adaptation really explains the natural world’s richness.

In other words, the theory of evolution is still evolving.

Citation: “Evolution and stability of ring species.” By Ayana B. Martins, Marcus A. M. de Aguiar and Yaneer Bar-Yam. Proceedings of the National Academy of Sciences, March 11, 2013.

Update 3/28: Text modified to emphasize that neutral biodiversity theory does not exclude ‘traditional’ evolutionary mechanisms, but would be an addition to them.